蔡元培的上一次辞职就发生在不久之前。在去年十月份，北大部分学生因为对讲义收费不满而闹事，引发了所谓的“讲义风潮”，蔡元培愤而辞职。最终，这次风潮在胡适之的调停下才得以平息。
而这一次，蔡校长的辞职则是因为新任教育总长彭允彝干涉司法独立，非法要求逮捕北大兼课教师、同时也是时任财政总长的罗文干。蔡元培再次愤而辞职，并公开在《北京大学日刊》上面发表了辞职声明。同时，他还写了一篇题为《关于不合作宣言》的文章，发表在沪上的《申报》上，表明了自己的立场和态度。
与上一次辞职只是做做样子不同，这一次蔡元培的辞职显得十分决绝。
他辞职之后就直接离开了北京，后来更是转赴欧洲进行考察，直到两年半以后才回国。这也为他后来的第七次辞职埋下了伏笔。
其实“罗文干案”在去年十一月份就已经发生了。时任财政总长的罗文干被指控在签订“奥国借款展期合同”时收受巨额贿赂，使国家遭受了大量损失。
于是，一国财政总长就被推上了法庭，这起案件在社会上引起了极大的轰动，堪称民国时期级别最高且最具影响力的刑事案件之一。
然而，事实上，整个案件完全就是一场“莫须有”的冤案。
案件本身的案情并不复杂，但背后却隐藏着直系军阀内部以曹锟和黎元洪为首的“津宝派”和以吴佩孚为首的“洛派”之间激烈的权力斗争。
大总统黎元洪和曹锟为了逼迫吴佩孚支持的内阁总理王宠惠下台辞职，才指使手下炮制了这个案件。案件背后闪现着总统、总理、国会以及各派军阀的身影，他们各自为了自己的利益而相互争斗，完全视司法为儿戏。
本来在去年12月份，“津宝派”在成功迫使内阁总理辞职，达成了目的以后，法院就已经宣告证据不足，对罗文干免予起诉了，事件也就算是告一段落了。
但是新上任的“津保派”阁员、教育总长彭允彝为了迎合背后的大佬，在内阁会议中提出将罗文干再交法庭审讯。而同样是“津保派”的司法总长程克也准备痛打落水狗，将此案办成“铁案”。
于是，事件越闹越大，一时激起了广泛的学潮、法潮与政潮，整个国家的司法体系都被牵扯在内。
虽然最后经过大半年的审判，罗文干仍然被宣布无罪释放。但是，在“罗文干案”之后，民国以来政治家们所坚持的“司法独立”的精神却被彻底打破了。
梁卓如就在报纸上面发文哀叹道：“司法破产”已经到了这一步，国会已经名存实亡了。
蔡元培在事后也深感痛惜地表示：国人十几年来最希望实现的司法独立，竟然被行政中枢以权威干涉而推翻了；罗案所产生的悲观情绪不仅仅局限于罗案本身的问题，更实际地影响到了法律的生命力。
时间回到1923年1月17日，李斯年是在这个学期的最后一节《明史》课结束之后，回到自己的办公室，听了学长胡适之的讲述，才知道蔡校长因为“罗文干案”愤而辞职这件事的。
起初，李斯年对这件事情并未在意，他以为蔡校长会像三个月前那次类似事件一样，不久之后便会回归。
上次蔡校长辞职时，他还挺震惊的，但是这次他就从容许多了。
况且在民国这个特定的历史时期，政治人物辞职或通电下野的现象并不罕见。这在一定程度上，也可以被视为军阀和政要们在复杂多变的政治环境下的一种生存策略和无奈的选择。
在民国的政治舞台上，斗争失败的一方，如果既不想被对手赶尽杀绝，也不愿与对方同流合污，那么通电下野就成为了一种十分明智且常见的做法，甚至已经逐渐形成了此时的一种潜规则。
他们通过这种方式，既可以吸引社会舆论的关注，又可以在保留实力的同时退居幕后，等待合适的时机东山再起。
阎百川、冯焕章、李德邻等人在军阀混战时期就常常采取这样的策略。但是，将这一把戏运用得最为娴熟的还要数常志清，他在政治生涯的关键时刻，多次用此招数以退为进，最终成功地击败了政治对手。
然而，李斯年很快便意识到，蔡校长的这次辞职与上一次有着显着的不同。
这一次，蔡校长的愤然离职引发了巨大的社会反响和强烈的舆论关注。第二天，北京大学的学生们全体动员，举行大会，通过了“驱逐彭允彝”、“挽留蔡校长”、“警告国会”等多项决议。
1月19日，北京大学的学生们联合了法政专门学校、医学专门学校、工业专门学校等校的一千余名学生，前往众议院进行请愿。他们试图阻止议员们投票支持彭允彝担任阁员，并坚决要求蔡元培校长回校复职。请愿的队伍打出了“驱逐教育界败类彭允彝”、“保障人权”等鲜明的旗帜。
然而，当请愿的学生队伍到达象坊桥众议院门前递交请愿书时，却突然遭到了上百名军警的袭击和包围殴打，学生们在赤手空拳的情况下与警察进行了搏斗。结果，约有三百多名学生受伤，其中重伤者更有五十余人。
事件随后进一步升级，学生们选派代表直接面见了总统黎元洪，并在1月23日组织了包括北京大学在内的三十三所学校，共计五千多人的队伍前往参议院再次进行请愿。
然而，尽管学生们付出了巨大的努力，请愿最终还是失败了。
1月31日，北京大学、医学专门学校等六校的评议会召开了联席会议，并决定以后“凡是由彭允彝署名的教育部一切公文，概不接受”。
这场轰轰烈烈的“驱彭挽蔡”运动整整持续了大半年才最终宣告结束。
由于北京各高校一直坚持拒绝接受彭允彝为教育总长，并坚持进行驱彭斗争，到了9月份，北洋政府不得不免去了彭允彝的职务，这也标志着学生们的驱彭斗争取得了胜利。
然而，就在这个时候，蔡校长也选择了赴欧考察，由总务长蒋梦麟暂时代理了北京大学校长的职务。