1540年，多里亚的侄子贾内蒂诺·多里亚（giannettino doria）在吉罗拉塔战役（battle of girolata）中取得了重大胜利，俘获了除巴巴罗萨之外最杰出的土耳其舰长德拉古特（dragut）。
安德烈亚将他作为战船奴隶在自己的旗舰上囚禁了四年。
此时，多里亚的常年合作伙伴贝尔纳迪诺·德·门多萨（bernardino de mendoza）在阿尔博朗战役（battle of alboran）中再次击败奥斯曼海盗。
1541年，安德烈亚、贾内蒂诺和门多萨被查理五世招募，发起了一场征讨阿尔及尔的远征，旨在再次捕捉巴巴罗萨。
多里亚试图警告皇帝此次行动时机糟糕，因为那是秋季，地中海天气危险，但他的警告未受到重视，热那亚人无奈地接受了参与。
结果却是一场灾难，风暴摧毁了帝国舰队，尽管多里亚家族设法保障了大部分舰队的撤退，但仍需付出很大努力来重组其他热那亚舰长的队伍。
这也是一场属于海雷丁的伟大胜利。
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1542年，法奥联军攻陷尼斯，安德烈亚·多里亚追击敌军，俘获了四艘船只。
法国和奥斯曼结盟了。
在五月，海雷丁·巴巴罗萨率领110艘战舰袭击雷焦（reggio），并与法国舰队在马赛（marseille）会合，指挥权与弗朗西斯·德·布尔戈涅（fran?ois de bourbon）共享。
巴巴罗萨和布尔戈涅再次征服并洗劫了尼斯，唯独城堡未遭破坏，但在多里亚到来时他们选择撤退。
多里亚在维尔弗朗什（villefranche）登岸，带来由阿方索·达瓦洛斯（alfonso d'avalos）率领的陆军，尼斯得以恢复，而法土舰队则转移至安提贝（antibes）。
令基督教世界大为愤怒的是，1544年，在巴巴罗萨支付了三千杜卡特金币后，多里亚释放了德拉古特。
巴巴罗萨先以封锁热那亚威胁过多利亚。
多里亚或许想借此争取奥斯曼帝国的同情，以备不时之需，万一自己的亲属被俘，也好谈判。
但他最后还是为此决定感到悔恨，因为德拉古特（dragut）在未来的战争中屡立战功。
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热那亚人建议达瓦洛斯不要与法国人直接交战，但由于双方关系紧张，达瓦洛斯对这一建议置之不理，最终选择出击，却在塞雷索尔（ceresole）战役中遭到失败。
多里亚积极出击，阻止了法国人利用这一机会，袭击他们在海岸的阵地。
在1544年弗朗索瓦与查理签订克雷皮和约（peace of crepy）后，多里亚希望能安享晚年。
然而，他的巨额财富和权力，加上侄子兼继承人吉安内蒂诺·多里亚（giannettino doria）的傲慢，使得他树敌众多。
在1547年，费斯基（fieschi）阴谋试图将他的家族赶下台，吉安内蒂诺在这一事件中被杀，但阴谋者最终被击败。
多里亚对他们的惩罚极为严厉，夺取了许多阴谋者的封地。
他还被牵连到皮尔·路易吉·法尔内塞（pier luigi farnese 帕尔马和皮亚琴察公爵）谋杀案中，而法尔内塞曾支持费斯基。
其他阴谋接踵而至，其中最重要的是朱利奥·西博的阴谋（1548年），但都以失败告终。
尽管多里亚雄心勃勃且手段严厉，但他始终是一个爱国者，成功抵制了查理皇帝多次希望在热那亚建立由西班牙人驻守的城堡的企图，无论是以甜言蜜语还是威胁都无法使他屈服于这一计划。
即便年事已高，多里亚的精力依旧充沛。
1550年，84岁的他再次出海，对抗穆斯林舰队。
尽管海雷丁·巴巴罗萨于1545年退役，熬走了一个强敌，但德拉古特和巴巴利亚海盗仍然构成威胁。
多里亚与门多萨一起攻占了德拉古特刚刚征服并作为基地的马赫迪亚，抓获了德拉古特的侄子赫萨尔。
次年，多里亚又加强了驻军，随后追踪并封锁了德拉古特及其20艘舰艇于杰尔巴的一个海湾，但德拉古特巧妙地逃脱了，他挖了一条水道，将舰船拖过陆地。
失望之余，多里亚对杰尔巴进行了劫掠。
1552年，一支由德拉古特指挥的100艘舰的奥斯曼舰队在庞萨战役中击败了多里亚指挥的40艘热那亚舰队。
随着法兰西与帝国之间再次爆发战争，法国入侵了当时由热那亚圣乔治银行管理的科西嘉岛。
多里亚再次被召集，他在岛上与法国人交战了两年（1553-1555），战局起伏不定。
1555年，他正式返回热那亚，因年事已高、身体虚弱，他将舰队指挥权交给了他的曾侄孙乔瓦尼·安德烈亚·多里亚，后者是吉安内蒂诺·多里亚的儿子。
他组织了一次对特里波利的远征，但结果比他曾经在阿尔及尔的经历还要失败，最终在与皮亚莱·帕夏和德拉古特的土耳其舰队的杰尔巴战役中险些丧命。
安德烈亚·多里亚将他的遗产留给了乔瓦尼·安德烈亚。
多里亚·潘菲利·兰迪家族是乔瓦尼·安德烈亚·多里亚的后裔，并承袭了他的梅尔菲王子头衔。
一直到1560 年 11 月 25 日，这位热那亚海上强者才去世，他活了95岁。
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从1528年直到去世，多里亚在热那亚共和国的决策中发挥了主导作用，被视为当时欧洲首屈一指的海军领袖。
他被神圣罗马皇帝查理五世任命为大海军上将，利用这一职位既保护了热那亚的独立，又巩固了自己对这座城市的控制。
他还通过自己拥有的船只担任私掠者，以增加财富。
他的舰队帮助确保了西班牙与意大利之间的帝国海上航线，尽管在对抗显着威胁的奥斯曼海军方面成效不一。
作为热那亚的统治者，多里亚对共和国的宪法进行了改革。
他对热那亚共和国的宪法改革一直持续到1797年共和国结束。
为了纪念这位海军上将，几艘船只以他的名字命名，其中最着名的是意大利客轮安德烈亚·多里亚号（ss andrea doria），于1951年下水，1956年因碰撞沉没。